François Beaune est l’auteur de quatre fictions : Un homme louche (2009 ; Folio, 2011), Un ange noir (2011), La Lune dans le puits, des histoires vraies de Méditerranée (2013 ; Prix des Lycéens et Apprentis d’Île-de-France 2014) et Une vie de Gérard en Occident (2014). À partir de décembre 2011, parti en quête d’Histoires vraies de Méditerranée », François Beaune a créé avec Fabienne Pavia une bibliothèque de textes, sons et vidéos. Ce projet a abouti en octobre 2013 à la parution de La Lune dans le puits, qui retranscrit environ deux cents histoires, dont celles de l’auteur, telle l’autobiographie imaginaire d’un seul et même individu-collectif.